核燃料税（かくねんりょうぜい）は、法定外普通税のひとつとして都道府県が条例で定める税金であり、原子力発電所の原子炉に挿入する核燃料の価格を基準にして、原子炉の設置者に課せられる。 核燃料の再処理事業がある茨城県と青森県では、それぞれ「核燃料等取扱税」と「核燃料物質等取扱税」として、原子力発電所だけでなく再処理工場での取扱いなどにも課税している。 　平成17年度決算額[1]では、核燃料税は合計で179億円、茨城県核燃料等取扱税20億円、青森県核燃料物質取扱税145億円である。
ほかに、使用済核燃料税（鹿児島県薩摩川内市、新潟県柏崎市）がある。