特別とん税（とくべつとんぜい）は、特別とん税法（昭和32年3月31日法律第38号）に基づいて、地方公共団体に財源を譲与するため、外国貿易船の開港への入港に対して課される日本の税金（間接税）である。目的税の一つで、かつ、港湾施設などの行政サービスを受けること対する応益負担的な税である。
外航船舶に対する固定資産税が昭和32年に軽減されたときに、市町村への代替財源として新設されたもので、収入された特別とん税は、特別とん譲与税法（昭和32年4月24日法律第77号）によって、毎年9月と3月に開港の港湾施設の所在する市町村に譲与されることとされる。
特別とん税の納税義務者は原則的には外国貿易船の船長であるが、税関長の承認を受けた場合には代行者や運航者が納税義務者となることもできる。
特別とん税の課税標準は外国貿易船の純トン数に応じることとされ、税率は、次のとおりである。
開港への入港ごとに納付する場合　純トン数1トンまでごとに20円
開港ごとに1年分を一時に納付する場合　純トン数1トンまでごとに60円